「賀来」の由来は、由原八幡宮の別名賀来社（よきこと来るの社）から来ており、賀来社の荘園として賀来荘が生じ、その地の荘官となった者が賀来氏を名乗ったものである。なお、古い文書、神社の献灯などの記述をみると氏の「賀來」「賀来」「加來」「加来」は相当古くから混用されていたようであり、地名にも混用がみられるが「賀来」の方が多く用いられている。 旧賀来荘（現在の大分市賀来）所在の神社は「賀来」である。
賀来荘の由来となった賀来社（よきこと来たるのやしろ）の由来については、賀来秀三氏の「賀来考」が明確に説明している。